昌都最高海拔5460米，最低海拔约3100米，平均海拔3500米以上，西北部高，东南部低。许多山峰矗立在雪线上，其中念青唐古拉山主峰高达7111米，万丈冰峰，银装素裹。昌都西北部山体完整，分水岭地区高原面宽阔。东南部的山体被切成星罗棋布。山谷由北向南逐渐加深，山谷排列，河谷深，只有零星残留的高原表面。
高原主要分布在他念他翁山北段和宁静山，海拔40004500米以上；北纬300米°以南是典型的高山峡谷区，河谷底海拔25003500米，最低海拔仅2296米的芒康县金沙江河谷。
昌都山南北走向，三条河流与三列山脉平行分布。伯舒拉岭和怒江从西向东依次出现；他读他翁山和澜沧江；达玛拉山－宁静山，金沙江。
山脉海拔约40005000米，山间有深谷，山谷高差10002000米。独特的自然地貌和地形结构使壮丽的青藏高原更加丰富多彩。