胶原蛋白是从各种胶体物质中提取的。一般有三种提取方法：一种是高压辅助物理方法；另一种是低温或热水提取溶剂预处理的化学方法，可分为热水提取、酸法和盐法；第三种是酶的生物化学方法。一般来说，高压辅助和热水提取用于明胶的提取，而低温提取和酶法用于胶原蛋白的提取，但其基本原理是根据胶原蛋白的特性改变蛋白质的外部环境，将胶原蛋白与其他蛋白质分离。
胶原蛋白是生物聚合物和动物结缔组织的主要成分。它也是哺乳动物中含量最高、分布最广的功能蛋白，占蛋白质总量的25%～30%，有些生物甚至超过80%。
畜禽源动物组织是人们获得天然胶原蛋白及其胶原肽的主要途径。然而，由于相关的牲畜疾病和一些宗教信仰，人们对陆生哺乳动物胶原蛋白及其产品的使用受到限制，并逐渐转向海洋生物的发展。欧洲食品安全局（EFSA）已经证实，即使是动物骨骼来源的胶原蛋白也不可能感染疯牛病等相关疾病。
由于氨基酸组成和交联度的差异，水生动物，特别是其加工废物——皮肤、骨骼、鳞片富含胶原蛋白，具有许多牲畜胶原蛋白没有优势，此外，海洋动物胶原蛋白在某些方面明显优于陆地动物胶原蛋白，如抗原低、过敏性低等特点。因此，水产胶原蛋白可能会逐渐取代陆地动物胶原蛋白。